Die deutsche Wiedervereinigung von 1990 hat viele neue Impulse gegeben, so auch in der lange Zeit in den Hintergrund getretenen mecklenburgischen Landesgeschichte. Da die Kultur eine Angelegenheit der Länder ist, waren für Mecklenburg-Vorpommern Strukturen in der Forschungslandschaft zu schaffen, die mit denen der alten Bundesrepublik kompatibel waren. Hierzu gehörten Historische Kommissionen, die es als Staatseinrichtungen mit ernannten Mitgliedern und als freie Vereinigungen von Fachleuten gibt, welche nach den Prinzipien der Selbstverwaltung und Selbstergänzung durch Zuwahl ausgewiesener Fachleute arbeiten.

Bereits am 21. November 1990 konstituierte sich die Historische Kommission für Mecklenburg als Verein mit Sitz in Schwerin, um für die Landesgeschichte eine Basis zu organisieren, in der Experten aller Sparten aus Hochschulen und der außeruniversitären Forschung gemeinsam wirken konnten. Da die 1910 gegründete Historische Kommission für Pommern in der Bundesrepublik weitergearbeitet hatte, sollte die mecklenburgische Schwesterkommission den Anschluss an bestehende Strukturen in der Bundesrepublik gewinnen. Die Historische Kommission für Mecklenburg war die erste Neugründung dieser Art in der ehemaligen DDR, denen die anderen neuen Länder bis 1996 folgten.

Am Buß- und Bettag trafen sich im Mecklenburgischen Landeshauptarchiv neun Fachleute aus Ost und West, um Möglichkeiten und Arbeitsprogramme für eine Kommission zu diskutieren und der mecklenburgischen Landesgeschichte wieder eine Organisationsform zu geben, die ihr seit Kriegsende gefehlt hatte. Als Ergebnis der Beratungen wurde die Kommission gegründet. Erster Vorsitzender wurde Dr. Helge Bei der Wieden, Bückeburg, selbst renommierter Autor einschlägiger historischer Arbeiten zu Mecklenburg. Er leitete die Kommission bis zum Jahre 2002. Seither arbeitet sie vollständig aus dem Lande, also vom Standort Schwerin. Wie ihr seitheriger Vorsitzender, der Direktor des Landeshauptarchivs Dr. Andreas Röpcke, aus Anlass des Jubiläums erklärte, wurden in den 20 Jahren der Tätigkeit 26 Bände landesgeschichtlicher Werke mit rund 7900 Druckseiten erstellt. Dieses beachtliche Ergebnis sei gleichermaßen der regelmäßigen Förderung durch Mittel des Kultusministeriums von Mecklenburg-Vorpommern und der ehrenamtlichen Tätigkeit der Kommissionsmitglieder zu danken. Die Produkte der Kommission seien Quelleneditionen, Sammelbände und Grundlagenwerke, für die etliche andere Bundesländer hauptamtliche Institute unterhalten. Mit Fachtagungen werde auch regelmäßig in die Öffentlichkeit gewirkt.

Das besonders in der Gründungsphase wichtige wachsende Miteinander zwischen Fachleuten aus Ost und West schuf ein wissenschaftliches Forum in der Kommission. Sie wurde der mecklenburgischen Landesgeschichte durch den Austausch von Sachinformationen und Arbeitsmethoden überregional dienstbar. Gerade das »Biographische Lexikon für Mecklenburg«, dessen Band 6 im Satz ist, formte über seine Autoren ein »Netzwerk» von Wechselwirkungen zwischen der Forschung über Mecklenburg im Lande selbst und außerhalb. Als Mitarbeiter wurden zahlreiche Gelehrte aus allen Teilen der Bundesrepublik und sogar aus dem Ausland gewonnen.